Introduction

Maîtriser la santé animale (encadré 1) demeure fondamental en élevage et répond à un triple enjeu : optimiser le cycle de production et réduire les pertes (enjeu économique), contribuer au bien-être des animaux en en prenant soin (enjeu éthique) et limiter l'émergence de zoonoses (enjeu de santé publique). Depuis leur découverte dans les années 1930, les antibiotiques et les antiparasitaires, qui permettent respectivement de lutter contre les maladies infectieuses d'origine bactérienne et les parasites, ont été des éléments essentiels de la gestion de la santé animale en élevage. Chez les animaux de rente, ils sont utilisés pour traiter un animal infecté (traitement individuel curatif) ou pour traiter un groupe, lorsqu'une proportion du lot est malade (métaphylaxie ; Lhermie et al., 2015). En octobre 2018, le Parlement européen s'est prononcé contre l'usage préventif des antibiotiques, c'est-à-dire avant l'apparition de la maladie, en traitant l'ensemble des animaux d'un lot pour lequel la probabilité de survenue de la maladie est considérée comme élevée. En effet, leur utilisation massive en élevage (Anses, 2020) a contribué à l'apparition de résistances qui réduit leur efficacité sur les animaux et peuvent être transmises à l'humain, soit par le biais d'une proximité homme-animal, soit via la chaîne alimentaire. C'est pourquoi, la lutte contre l'antibiorésistance est devenue un défi mondial de santé publique qui s'est traduit par deux plans d'actions nationaux (EcoAntibio : 2012-2017 et 2017-2021 ; https://agriculture.gouv.fr/le-plan-ecoantibio-2-2017-2021)

Les espèces animales monogastriques sont particulièrement concernées par ces questions. Elles sont aujourd'hui majoritairement élevées dans des systèmes très rationnalisés où la densité animale est élevée et le milieu de vie artificialisé et leurs élevages sont de forts utilisateurs d'antibiotiques (Anses, 2020). Dans ce même numéro, Paul et al. (2021) font le point sur l'évolution de l'usage des antibiotiques dans les filières monogastriques et présentent les approches développées pour le réduire. De manière complémentaire, l'objectif du présent article est de définir les principes, de proposer un cadre d'analyse et d'identifier les leviers d'action disponibles à l'échelle de l'animal et du système d'élevage pour une gestion intégrée de la santé chez les animaux monogastriques, principalement porcs, lapins et volailles. Nous illustrons ces propos en montrant comment divers leviers peuvent être combinés pour atteindre cet objectif et terminons en montrant certaines limites des systèmes conventionnels actuels et les défis auxquels ils vont être confrontés pour poursuivre la démédicalisation.

1. Définition et principes de la gestion intégrée de la santé animale

2. Un cadre conceptuel de représentation de la santé animale

2.1. Les composantes de la santé animale

Afin de pouvoir raisonner la gestion intégrée de la santé des animaux monogastriques au-delà des particularités d'espèces, le consortium RIMEL (Fortun-Lamothe et al., 2017) a proposé une représentation conceptuelle des différentes composantes de la santé animale telle que définie précédemment (encadré 1). Elle a pour objectif d'identifier les éléments structuraux contribuant à la construction de la santé d'un animal d'élevage pour l'intégrer dans les connaissances indispensables à une gestion intégrée. Cette représentation mobilise les dimensions physique et psychosociale, elles-mêmes subdivisées en 11 composantes (figure 1). La dimension physique de la santé comprend les barrières physiques qui jouent un rôle d'interface avec le milieu extérieur (téguments, muqueuses et microbiotes) et le système de défense constitué par les systèmes immunitaire, nerveux et endocrinien. La dimension psychosociale intègre les liens sociaux entre individus (mère-jeune, entre congénères), l'expression des comportements innés et le respect du rythme circadien. Ces composantes interagissent entre elles et avec les organes responsables des grandes fonctions biologiques (voir 2.2).

Figure 1. Représentation conceptuelle des composantes de la santé animale.

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Des périodes, propres à chaque espèce, ont été identifiées comme critiques pour la santé (ex : période périnatale, sevrage) car elles correspondent à des périodes clés d'exposition des animaux à des aléas importants à un moment où le développement de certaines composantes peuvent ne pas être achevé. Par exemple, la plupart des espèces animales naissent avec un système immunitaire immature et doivent composer, dans les premières phases de la vie, avec l'immunité maternelle (via le vitellus, le placenta ou les sécrétions lactées) pour faire face à l'exposition aux multiples agresseurs biotiques et abiotiques du milieu environnant (Brambell, 1970). De même, la maturation du système immunitaire adaptatif des mammifères n'est généralement achevée qu'après le sevrage (Weström et al., 2020). Cet évènement, qui se traduit par un changement d'alimentation, une séparation d'avec la mère et parfois un changement de milieu de vie, représente un risque. Les capacités d'adaptation des jeunes animaux peuvent donc être facilement dépassées. Même en dehors de ces périodes à risque, les composantes de la santé sont influencées par des facteurs intrinsèques à l'animal (génétique, statut nutritionnel, physiologique et émotionnel) eux-mêmes en lien avec l'environnement (composantes biotique, abiotique et anthropique). Ces facteurs extrinsèques peuvent agir positivement ou négativement sur la construction de la santé et parfois de manière différente selon la dynamique de développement des composantes de la santé (voir point 2.3). La gestion intégrée de la santé vise notamment à agir sur ces facteurs selon les Principes 1 et 2 décrits précédemment et illustrés dans la section 3. L'éleveur n'est pas toujours en mesure d'agir sur certains facteurs (par exemple les aléas climatiques en élevage plein air). Dans ces situations, la gestion intégrée de la santé implique une notion de précaution (ex : fourniture d'abri) ou d'anticipation qui font partie de la gestion intégrée de la santé.

2.3. Une vision dynamique de la construction de la santé

Le concept DoHAD (Developmental origin of Health And Diseases) soutient l'idée que la santé se construit selon un processus dynamique débutant lors de la gamétogenèse, inclut toute la période de développement fœtal et postnatal et s'achève autour de la maturité sexuelle (Suzuki, 2018). Ainsi, le milieu de vie des parents influence la santé de leurs descendants, au travers du développement des gamètes et de l'environnement maternel pendant la gestation et l'allaitement (Nilsson et al., 2018). Par exemple, une restriction alimentaire chez la poule a un effet sur l'immunité de ses descendants (Bowling et al., 2018). De même, en élevage conventionnel cunicole, les lapines sont simultanément gestantes et allaitantes. La superposition de la lactation et de la gestation impacte la croissance fœtale (Fortun-Lamothe et al., 1999) et le développement des lapereaux à naitre (Fortun-Lamothe et al., 2000).

Au-delà de l'empreinte parentale, l'exposition à des situations bénéfiques ou défavorables au cours du développement varie pour chaque individu et constitue une trajectoire unique de renforcement ou bien au contraire d'affaiblissement de l'état de santé (figure 2 ; Halfon et al., 2014). Hertzman et Power (2011) proposent 3 types de modélisation des influences du parcours de vie sur la santé dont deux semblent pertinents pour les animaux d'élevage. Le modèle latent met en avant les relations entre une exposition à un moment donné de la vie et l'état de santé des années plus tard. En élevage, ce modèle s'applique à la programmation précoce des phénotypes. Par exemple, la température d'incubation des œufs modifie la tolérance à la chaleur des poulets (Loyau et al., 2015). Aussi, les heures qui suivent l'éclosion/la naissance et la phase de démarrage/d'allaitement doivent être considérées comme essentielles pour assurer la santé ultérieure (Guilloteau et al., 2019 ; Foury et al., 2020). Le modèle cumulatif stipule des effets combinatoires d'expositions multiples au cours de la vie sur la santé. C'est le cas des porcs qui développent une réponse vaccinale plus élevée lorsque leur immunité a été stimulée par les conditions d'hygiène du logement (Chatelet et al., 2018). Au final, les connaissances disponibles montrent que la construction de la santé d'un animal est un processus actif impliquant des mécanismes d'adaptation distincts à différents moments du développement qui coordonnent les interactions entre toutes les composantes de la santé d'un organisme.

Figure 2. Trajectoires individuelles de construction de la santé sous l'influence de divers évènements survenant à différentes périodes de la vie de l'animal (adapté de Halfon et al., 2014).

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3. Les leviers d’action disponibles à l’échelle de l’atelier d’élevage

3.2. Temporalité d’action des leviers utilisables en élevage

Les leviers d'action utilisés pour une gestion intégrée de la santé animale peuvent agir selon différentes temporalités (figure 3). Ainsi, on peut distinguer les leviers d'action ayant : i) un effet direct : par exemple, l'alimentation protéique des porcelets autour du sevrage a un effet sur leur santé digestive (Liao, 2021) ; ii) un effet différé : par exemple, la température d'incubation des œufs modifie la tolérance à la chaleur des poulets en fin d'élevage (Loyau et al., 2015), la consommation d'huiles essentielles pendant le démarrage des poussins modifie durablement le transcriptome des poulets selon leur vécu postnatal (Foury et al., 2020) ; iii) un effet transmis entre génération : par exemple, chez le canard, la supplémentation maternelle en acides gras omega-3 peut limiter le phénomène de picage chez les descendants (Baéza et al., 2017).

Figure 3. Temporalité d’action des leviers agissant sur la santé animale : effets directs (A), effets différés (B), effets transmis entre générations (C).

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Intégrer cette temporalité d'action encourage à avoir une vision à long terme de la gestion de la santé animale et à mieux raisonner le lien entre les différents ateliers de production animale au sein du système d'élevage, ou entre les maillons d'une filière de production (élevage des reproducteurs vs des animaux en croissance ; pratiques au couvoir vs en élevage). Par exemple, en élevage de volailles, les travaux de Van der Waaij et al. (2011) préconisent des conditions d'élevage similaires pour les reproducteurs et leurs descendants. Cependant, aujourd'hui dans la filière poulet de chair, les reproducteurs sont soumis à une restriction alimentaire afin de maximiser leurs performances reproduction alors que leurs descendants sont nourris à volonté pour maximiser leur croissance. Cette restriction alimentaire des reproducteurs affecte leur bien-être et leur statut immunitaire (Decuypere et al., 2010) et limite la croissance de leurs descendants (Bowling et al., 2018).

4. Intégration des leviers et santé des animaux monogastriques dans les systèmes actuels

Les leviers d’actions disponibles à l’échelle du système d’élevage pour une gestion intégrée de la santé chez les monogastriques ne doivent être raisonnés séparément mais conjointement dans une logique de « gestion intégrée de la santé ». Cette notion d’intégration signifie que c’est la coordination des pratiques qui contribue à construire la santé des animaux afin de tendre vers et/ou maintenir l’état d’équilibre. Il s’agit notamment des actions coordonnées de prévention et de développement des capacités d’adaptation des animaux. De manière réciproque, les troubles de la santé, lorsqu’ils ne sont pas spécifiques d’un agent pathogène comme dans le cas des maladies dites de production, sont généralement d’origine multifactorielle et surviennent parce que divers éléments se conjuguent et entrainent un dépassement des capacités d’adaptation des animaux (tableau 7). Dans les sections ci-dessous, nous allons décrire comment est raisonnée cette cohérence dans les élevages porcins, avicoles et cunicoles. Il est important de noter qu’une partie des leviers, mobilisés pour leurs effets bénéfiques sur la santé des animaux contribuent aussi à maintenir la productivité.

5. Limites des stratégies actuelles et pistes d’évolution

D’une manière générale, au cours des dernières décennies, la gestion de la santé dans les élevages d’animaux monogastriques a surtout privilégié la prise en compte de la santé physique des animaux et la recherche d’une augmentation de la productivité animale pour des raisons économiques. Certains choix techniques sont aujourd’hui à l’origine de problèmes de santé et de bien-être (ex : logement en cages grillagées et pododermatites chez les lapins reproductrices). De plus, ces choix ont été souvent fait au détriment de la santé psychosociale des animaux (ex : densité animale élevée, milieu de vie inapproprié et picage chez les poules pondeuses ; limitation du répertoire comportemental des lapins élevés en cages ; stéréotypies chez les truies en fin de gestation - boxées).

Nous présentons ci-dessous des limites identifiées pour les élevages porcins, cunicoles et avicoles ainsi que des stratégies techniques d'évolution possibles. Ces verrous ne sont pas seulement techniques mais également humains et sociaux (besoin de sécurité, accompagnement à de nouvelles pratiques, tension sur le temps de travail), économiques (investissements, rentabilité de l'élevage) ou encore scientifiques (sélection génétique, diagnostic précoce des troubles ; Ducrot et al., 2018 ; Piel et al., 2019).

En élevage porcin conventionnel, la gestion de la santé des porcelets au moment du sevrage sans avoir recours à l'utilisation d'antibiotique reste difficile dans certains élevages. Une des raisons invoquées est l'âge au sevrage. La Directive européenne 2008/120/CE établissant les normes minimales relatives à la protection des porcs recommande « qu'aucun porcelet ne doit être séparé de sa mère avant d'avoir atteint l'âge de 28 jours ». Pourtant, la pratique du sevrage à 21 jours s'est fortement développée en France ces dernières années, dans le but de favoriser un retour rapide en chaleur et maximiser la productivité numérique des truies. Des études réalisées sur le continent Américain (Faccin et al., 2020) et Européen (Postma et al., 2017) ont montré qu'un âge de sevrage plus tardif (35 jours) était associé à un moindre usage d'antibiotiques, probablement du fait de la plus grande maturité des porcelets. D'autres pistes de progrès sont évoquées mais elles représentent des défis scientifiques et techniques importants. Il s'agit par exemple de i) la mise à disposition de fourrage, qui outre le fait d'habituer les animaux à la prise d'aliment solide et de favoriser le développement du microbiote, leur fournit un substrat de jeu, ii) la conduite des truies favorisant leur bien-être durant la gestation ou encore iii) le mélange des porcelets avant le sevrage afin de promouvoir les interactions sociales entre les animaux de différentes portées (Blavi et al., 2021).

La perspective de retarder l'âge au sevrage est soutenue par l'exemple des élevages sous cahier des charges agriculture biologique, qui impose un sevrage après 42 jours pour se rapprocher des conditions naturelles (90-120 jours), et qui fournit des pistes intéressantes pour améliorer la santé des porcelets sans altérer le retour à la reproduction des truie (Ferchaud et al., données non publiées). L'utilisation d'animaux résistants aux principaux pathogènes impliqués dans les diarrhées, résilients vis-à-vis du sevrage, efficients du point de vue alimentaire et adaptés à des conditions d'élevages variées et variables serait une avancée majeure (Le Roy et al., 2019). Sa mise en pratique dépend d'avancées scientifiques et d'évolution dans les programmes de sélection. Enfin, les conditions de logement actuelles des truies en lactation et des porcelets ne sont pas toujours propices à l'expression des comportements naturels, à des relations mère-jeunes positives, à l'apprentissage alimentaire ni aux interactions entre porcelets de différentes portées. L'évolution des modes de logement est souvent freinée par le coût économique des investissements (Bertin et Ramonet, 2016).

En élevage cunicole, le logement des animaux en cages à fond grillagé est justifié pour gérer l’infestation parasitaire en limitant le contact des animaux avec leurs déjections. Pour autant, les coccidies sont présentes dans la majorité des élevages conventionnels (protozoaires du genre Eimeria ; Licois, 2009) et l’utilisation d’anticoccidiens, majoritairement la robénidine®, reste très fréquente et pose aujourd’hui des problèmes de résistance. Parallèlement, ce mode de logement entraine des pododermatites chez les femelles reproductrices (prévalence : 5 à 15 % ; Rosell et De la Fuente, 2013) malgré la présence de fond « repose pattes » en plastique. C’est pourquoi, l’élevage cunicole s’oriente vers un élevage des lapins en croissance en parcs, souvent avec sol en caillebotis, et en grand groupes (plus 20 animaux). Cette évolution entraine des interactions sociales plus importantes (à minima en termes de nombre de congénères) qui peuvent modifier les dynamiques de dissémination des pathogènes, notamment si la densité animale n’est pas réduite (aujourd’hui limité à 45 kg/m² à 70 j d'âge pour les lapins en croissance). Il conviendra donc de revisiter 1) l’aménagement du milieu de vie pour ne pas perturber ces interactions sociales par rapport aux attentes de l’animal et 2) la mise en œuvre des protocoles d’hygiène et de prophylaxie pour limiter la dissémination des agents pathogènes au sein de ces grands groupes. Cette évolution du logement pourrait empêcher le maintien de logements polyvalents entre lapines reproductrices et lapins croissance et entrainer l’abandon de la gestion sanitaire du type tout-plein tout-vide pratiquée aujourd’hui dans la moitié des élevages français. Ce mode de conduite présente pourtant l’avantage de permettre un nettoyage/désinfection du bâtiment et des logements entre chaque lot d’animaux. Pour autant, cette stratégie peut aussi favoriser la dissémination des agents pathogènes car les animaux qui sont présents dans ce milieu confiné, sont tous au même stade physiologique, et donc exposées à un même niveau de risque. De plus, le microbiote étant impliqué dans la maturation du système immunitaire, une hygiène excessive pourrait au final être préjudiciable pour la santé des animaux. La gestion de la mixité des animaux de différents stades physiologiques, pratique antérieure à la conduite en bande, mériterait d’être à nouveau étudiée dans les nouveaux modes de productions.

Concernant les femelles reproductrices, on peut déplorer la persistance des problèmes respiratoires malgré les moyens déployés pour la maitrise des conditions d'ambiance. L'utilisation d'animaux résistants semble la voie la plus prometteuse, mais reste à mettre en œuvre. Par ailleurs, il a été montré qu'une réduction du rythme de reproduction (par exemple, une insémination toutes les 7 semaines au lieu de 6 semaines actuellement) permet de réduire la sollicitation nutritionnelle des femelles donc d'améliorer leur état corporel et d'augmenter leur longévité. Néanmoins, cette pratique est aujourd'hui peu répandue et souvent limitée à la période estivale pour des raisons économiques (réduction de la productivité annuelle). Enfin, le logement individuel des femelles est contesté par les défenseurs de la cause animale car le lapin est un animal grégaire qui vit en colonie. Le logement en groupe de femelles familières (sœurs biologiques ou de lait) est possible jusqu'à la première mise bas (Laclef et al., 2021). Mais ensuite les lapines se bagarrent et se blessent gravement en cherchant à instaurer une hiérarchie sociale. Un système permettant un compromis satisfaisant entre performances de reproduction, santé et expression des comportements reste à trouver.

En élevage avicole, une limitation majeure à la santé et au bien-être des animaux est le cloisonnement entre maillons de la chaîne de production (élevage des reproducteurs, couvoir, élevage des poulets ou poulettes, atelier ponte pour les systèmes de production d'œufs, transport vers l'abattoir). Ce cloisonnement entraine des phases d'attente et de transport, notamment entre le couvoir et l'élevage, qui représentent une source de stress considérable pour les animaux. Après avoir été manipulés (tri et sexage), ceux-ci sont maintenus sans eau et sans aliment pendant plusieurs heures, et possiblement soumis pendant le transport à des variations de température, d'hygrométrie, ainsi que des vibrations voire des aléas de conduite. Il a été montré que cette situation affecte durablement leurs santés physique (hypothermie post natale, métabolisme modifié, retard de croissance ; Guilloteau et al., 2019, Beauclercq et al., 2019 ; Foury et al., 2020) et psychosociale (Hollemans et al., 2018) ultérieures. L'accès à l'eau et à l'aliment dès l'éclosion est nécessaire et peut être réalisé par la fourniture d'aliment hydraté à l'éclosoir et/ou dans les boîtes de transport ou encore par une éclosion à la ferme (Van de Ven et al., 2011 ; Leterrier, données non publiées). De plus, implanter précocement un microbiote de barrière naturel (provenant ou en présence de poules adultes) ou sélectionné (microflore intestinale, probiotiques), limite le portage de salmonelles et d'autres enteropathogènes (Schneitz, 2005), faciliterait la maturation du système immunitaire et aiderait à limiter le taux de mortalité qui reste élevé en phase de démarrage.

L'utilisation de souches génétiques très spécialisées dont le métabolisme est orienté majoritairement vers les fonctions biologiques visées (croissance ou production d'œuf) affecte aussi la santé des animaux. Ainsi, les poules pondeuses qui sont sélectionnées pour la production d'œufs ont un squelette fragilisé au-delà de 70 semaines. Cette situation est exacerbée par les conditions d'élevage qui n'offre pas aux animaux des possibilités de mouvement suffisantes. D'autre part, les poulets qui sont sélectionnés pour une croissance rapide et une forte efficacité alimentaire présentent des rendements en muscle pectoral supérieurs à 20 %, mais ont des capacités de thermorégulation affaiblies (Piestun et al., 2008) et sont sujets à des myopathies musculaires fréquentes telles que les stries blanches, dureté anormale du filet (wooden breast) ou muscle spaghetti (Praud et al., 2020). L'utilisation de souches à vitesse de croissance plus lente ou de souches mixtes à la fois destinées à la production d'œuf et de viande pourrait permettre d'éviter l'apparition de ces troubles.

Enfin, le picage des plumes chez les poules pondeuses reste un problème de santé important qui est aujourd'hui géré par des atteintes à l'intégrité physique (épointage du bec). Ces pratiques pourraient être évitées par l'alimentation (aliments riches en fibres) l'enrichissement du milieu vie (litière adaptée, pierre ou blocs à picorer), la sélection génétique (contrôle des niveaux de peur et de stress) et la réduction des densités en élevage (Rodenburg et al., 2013 ; Zepp et al., 2018).

6. Des défis à venir

Aujourd’hui, une partie des consommateurs européens souhaitent une meilleure prise en compte du bien-être animal. Ils ne soutiennent pas les pratiques qui portent atteintes à l’intégrité physique des animaux (castration sans anesthésie, meulage des dents, épointage du bec…), désapprouvent l’élevage des animaux en cage et souhaitent que les animaux puisent se mouvoir librement. Suite à une initiative citoyenne «End the Cage Age » (https://www.endthecageage.eu/), la commission Européenne s’est engagée à proposer un cadre d’évolution législative qui impose l’arrêt de l’élevage en cage pour la fin de 2023 et évoque une entrée en vigueur en 2027. Les ateliers d’élevage d’animaux monogastriques sont particulièrement visés par cette initiative : animaux reproducteurs et lapins en croissance, etc.

Les systèmes d'élevage d'animaux monogastriques vont ainsi devoir évoluer fortement et la gestion de la santé devra être repensée en conséquence. Il est à noter qu'une meilleure prise en compte du bien-être peut parfois avoir des conséquences négatives sur la santé des animaux dans ces systèmes d'élevage. C'est le cas des lapines (Szendrö et al., 2019) ou des truies élevées en groupe. Leur donner la possibilité d'avoir des interactions sociales avec des congénères se traduit par des combats fréquents et un taux de blessure très élevée jusqu'à l'établissement de la hiérarchie sociale. Des travaux ont également montré que si les animaux qui ont un accès à l'extérieur semblent moins affectés par des maladies respiratoires que les animaux élevés en bâtiments fermés, ils sont plus concernés par des problématiques de mortalité périnatale et de reproduction que dans les systèmes en claustration (Delsart et al., 2020). Cela est expliqué notamment par une faible maîtrise des conditions lumineuses et thermiques. La gestion de la santé dans ces systèmes devra donc intégrer une aide à l'adaptabilité des animaux aux variations climatiques (brise vent, abris, refuge ; Skuce et al., 2013), une capacité à prévoir ces variations (accès à des données ou alertes climatiques) pour anticiper la mise à l'abri des animaux et l'aménagement des surfaces extérieures (arbres, haies coup vents, barrières de protection…). De plus, les animaux ayant un accès à l'extérieur sont plus exposés aux parasites et à d'autres agents infectieux non rencontrés en bâtiment (via l'aliment, le sol, les contacts avec de la faune sauvage). Un agencement du milieu de vie ou des pratiques innovantes devront être réfléchis pour gérer ces nouveaux enjeux. Les expériences acquises dans les élevages qui respectent le cahier des charges de l'agriculture biologique pourront être précieuses (Vaarst et Alroe, 2012). Quoi qu'il en soit, ces évolutions conduiront probablement à une augmentation de la diversité des systèmes d'élevage, à une augmentation de la variabilité de l'état de santé et de bien-être entre les animaux. De tels changements nécessiteront sans doute des modes de suivi et de gestion du comportement et de paramètres de santé plus individualisés qui pourraient bénéficier d'applications numériques (Grosse-Kleimann et al., 2021).

Conclusion

La santé animale, à la fois état et processus, se construit tout au long de la vie des animaux. Dans les élevage porcins, cunicoles et avicoles, de nombreux leviers d’actions sont disponibles et doivent être mobilisés de manière cohérente dans une logique de gestion intégrée de la santé des animaux. Ils ont principalement pour objectif de favoriser la construction de la santé, de prévenir le contact avec les éléments biotiques et abiotiques nuisibles et de soutenir les capacités adaptatives des animaux afin qu’ils soient tolérants à ces éléments. Pourtant, dans ces élevages, l’utilisation d’antibiotiques et anti-parasitaires reste aujourd’hui non négligeable. Cette situation est expliquée notamment par des choix techniques ou organisationnels, motivés par des raisons économiques, qui aboutissent à des situations qui dépassent les capacités d’adaptation des animaux. C’est le cas en élevage porcin où l’immaturité digestive et immunitaire des porcelets au moment du sevrage est un facteur de risque de troubles digestifs. C’est aussi le cas en élevage avicole, où les conditions de transport des animaux entre le couvoir et l’élevage génèrent un stress qui affecte de manière durable la santé des animaux et où la sélection génétique orientée sur la fonction de production affaiblie les capacités d’adaptation des animaux.

Certains de ces choix, notamment ceux concernant le logement, sont aujourd'hui critiqués par la société car jugés non respectueux du bien-être animal. Ces critiques font émerger de nouveaux systèmes d'élevage qui posent des questions inédites concernant la santé des animaux. L'accès des animaux à l'extérieur modifie également les frontières et la dynamique des flux (matière, xénobiotique, agent pathogène, individu, gènes) entre l'élevage et la faune sauvage d'une part, et les milieux à forte anthropisation d'autre part. En référence au concept « One Health », la plus grande proximité des vecteurs, des réservoirs d'agents pathogènes ou des xénobiotiques présents dans les milieux sauvages ou anthropisés avec les élevages, représente un défi pour la gestion intégrée de la santé (Esther et al., 2016).

Remerciements

Les auteurs remercient Catherine Schouler pour sa contribution aux réflexions et sa relecture, Cécile Berri sa contribution expertes relative aux troubles musculaires aviaires et Agnès Girard pour son aide dans les recherches bibliographiques.

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