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Intégrer la caractérisation du microbiote digestif dans le phénotypage de l’animal de rente : vers un nouvel outil de maîtrise de la santé en élevage ?

Résumé

Le microbiote digestif est un symbionte dont on a démontré l’implication essentielle dans la régulation de la physiologie de l’hôte qui l’héberge pour la digestion, le métabolisme et l’immunité. Ce microbiote a en particulier un rôle majeur, et jusqu’ici sous-estimé, sur la santé de son hôte et participe à son adaptabilité à des environnements changeants. Les technologies de séquençage à haut débit devraient faciliter l’inclusion de cet écosystème complexe dans le phénotypage des animaux d’élevage. Il faut pour ce faire prendre en compte sa composition, sa diversité, sa stabilité au cours du temps et ses variations selon différents facteurs comme le génotype de l’hôte, l’alimentation et les conditions d’élevage. Ces connaissances devraient permettre de définir les propriétés d’un microbiote digestif « normal » associé à une bonne santé, d’en préciser les dysfonctionnements et de comprendre leurs répercussions sur l’état de santé de l’animal. Cela conduira à identifier des marqueurs de diagnostic et de pronostic de ces dysfonctionnements, fournissant des moyens de contrôle nouveaux de la santé en élevage, appréhendée en terme d’optimisation des rendements de production, de résistance aux maladies et de maintien du bien-être. A terme, le contrôle du microbiote digestif par l’alimentation, la génétique ou les pratiques d’élevage permettra de favoriser l’adaptation des animaux à leur environnement d’élevage en améliorant leur robustesse, de limiter l’utilisation d’antibiotiques et de préserver la sécurité sanitaire des aliments en évitant le développement de bactéries pathogènes pour l’Homme. L’ampleur des données à générer et à analyser pour les différentes espèces d’intérêt reste le défi à relever.

Auteurs


F. CALENGE

Affiliation : INRA, UMR1313 GABI, F-78352 Jouy-en-Josas, France

Pays : France


C. MARTIN

Affiliation : INRA, UMR1213 Herbivores, F-63122 Saint-Genès-Champanelle, France

Pays : France


N. LE FLOCH

Affiliation : INRA, UMR1348 PEGASE, F-35590 Rennes, France

Pays : France


F. PHOCAS

Affiliation : INRA, UMR1313 GABI, F-78352 Jouy-en-Josas, France

Pays : France


D. MORGAVI

Affiliation : INRA, UMR1213 Herbivores, F-63122 Saint-Genès-Champanelle, France

Pays : France


C. ROGEL-GAILLARD

Affiliation : INRA, UMR1313 GABI, F-78352 Jouy-en-Josas, France

Pays : France


P. QUÉRÉ

quere@inra.fr

Affiliation : INRA, UMR1282 ISP, F-37380 Nouzilly, France

Pays : France

Pièces jointes

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