Chapeau

Éditée depuis 30 ans, la revue INRA Productions Animales se positionne en tant que revue de transfert dans ce domaine. Comment se situe-t-elle par rapport à la production scientifique de l’INRA et de la communauté internationale ? Dans quelle mesure les thématiques qu’elle traite reflètent-t-elles l’évolution des recherches conduites en France et en Europe ?

1.1. Les données du « Web of Science ™ »

Le « Web of Science ™ Core Collection » (WOS) est une base de données documentaire internationale et multidisciplinaire produite par la société Clarivate Analytics. Elle recense les principales revues scientifiques, livres et actes scientifiques depuis 1956. Chaque référence indexée dans le WOS contient les auteurs, leurs affiliations et la revue dans laquelle l’article est publié ainsi que son titre, son résumé et des mots-clés. Les revues sont réparties dans des groupes (« WOS categories ») correspondant à des champs thématiques ou disciplinaires, par exemple pour ce qui nous concerne « Agriculture, dairy and animal sciences » et « Veterinary Sciences ». Le WOS répertorie aussi les citations des références indexées ce qui permet de calculer un certain nombre d’indicateurs, comme par exemple le facteur d’impact d’une revue (ratio entre le nombre de citations en année n des articles publiés en années n-1 et n-2 et le nombre d’articles publiés en années n-1 et n-2 dans cette revue) ou le facteur h d’un auteur (nombre h de publications citées plus de h fois).

La revue INRA Productions Animales est référencée dans le WOS en intégralité depuis 1997 dans les deux catégories citées précédemment. Notre analyse a donc porté sur la période allant de 1997 jusqu'à 2017, qui était la dernière année complètement référencée, en août 2018, lorsque l’analyse a été réalisée. Elle a concerné la catégorie « Agriculture, dairy and animal sciences » du WOS, qui constitue le cœur de la revue. Sur cette période, en se limitant aux articles de recherche, de synthèse et éditoriaux (les types de documents que l’on retrouve dans la revue INRA Productions Animales), cette catégorie du WOS contient 781 références de la revue, 4 831 références publiées dans différents journaux par des auteurs affiliés à l’INRA et un total de 125 425 références. Une analyse de l’évolution annuelle du nombre de publications, de leur nombre de citations et de la répartition par pays et par organisation a été conduite.

1.2. L’analyse lexicale des titres, mots-clés et résumés

L'analyse lexicale a été réalisée sur la plateforme CorTexT (https://managerv2.cortext.net), développée par le Laboratoire Interdisciplinaire Sciences Innovations Sociétés (LISIS). Cette plateforme vise à renforcer les capacités de recherche et d’études sur la dynamique de la science, de la technologie, de l’innovation et de la production de connaissances.

Dans un premier temps, nous avons constitué la liste des termes décrivant le corpus des références analysées à partir de l’extraction lexicale des mots et termes présents dans le titre, le résumé et les mots-clés. La plateforme CorText permet une extraction automatique des termes que nous avons complétée par un travail de regroupement en concepts afin d’éviter le plus possible les termes redondants. Une liste de 152 concepts ou termes décrivant le corpus des références indexées dans la catégorie « Agriculture, dairy and animal science » du WOS a été ainsi constituée.

Dans un deuxième temps, nous avons analysé l’évolution entre 1997 à 2017 de l’occurrence des termes de la liste afin d’identifier les thèmes dominants, en régression ou en émergence. Les résultats de cette analyse sont représentés sous forme de graphique permettant de visualiser l’évolution de la hiérarchie entre les termes les plus utilisés au cours du temps.

Dans un troisième temps, nous avons isolé dans le corpus des références les publications avec au moins un auteur affilié à un laboratoire européen. Nous avons ensuite réalisé une cartographie des termes afin d’identifier les associations de termes ou de concepts les plus fréquentes dans les différents corpus de références. Nous présentons ici la cartographie obtenue sur les corpus des références publiées par i) les auteurs européens, ii) l’INRA et iii) INRA Productions Animales.

3.1. Évolution des termes utilisés dans les publications internationales, de l’INRA et de la revue depuis 20 ans

Sur l’ensemble des références de la catégorie du WOS étudiée, on constate une grande stabilité des termes les plus fréquents (figure 2a). Les quatre termes les plus fréquents à la fin de la période analysée (« milk », « lambs », « growth » et « pigs ») l’étaient déjà 20 ans auparavant et dans le même ordre. On note également que l’importance relative de ces 4 termes se renforce au cours du temps. Au total, les termes « milk » et « growth » sont présents dans plus de 16 % des publications. Le terme « lambs » n’était pas attendu aussi fréquemment utilisé compte-tenu de l’importance moindre de cette production. Sa fréquence élevée, que l’on retrouve dans tous les corpus analysés (cf. ci-dessous) pourrait s’expliquer par l’utilisation des agneaux et plus largement de l’espèce ovine comme espèce modèle dans un certain nombre d’études. Les termes caractérisant la production de volailles (« chickens » et « broiler chickens ») montrent également une grande stabilité à l’exception du terme « eggs » dont la fréquence décroit au cours des dernières années. En revanche, on note un recul du terme « forage » qui passe de la cinquième à la neuvième place du classement, bien qu’étant présent dans 11,9 % des publications.

Dans l’ensemble des publications de la catégorie du WOS étudiée, le terme « livestock system » est en croissance ; il se classe en 17^ème position en termes de fréquence et est présent dans 6,9 % des publications. En revanche, les termes relatifs à des enjeux de société comme le bien-être animal et les émissions de méthane demeurent plus loin dans le classement des fréquences d’utilisation : ainsi « welfare » apparaît en 27^ème position et est présent dans 3,9 % des publications et « methane production » seulement en 91^ème position et est présent dans 0,5 % des publications. Il est vraisemblable qu’une partie des recherches sur ces thématiques sont publiées dans des journaux appartenant à d’autres catégories du WOS. Pour la production de méthane, cela peut aussi s’expliquer par le fait qu’il s’agit d’un domaine de recherche qui ne concerne principalement que les ruminants et pas toutes les productions animales

Le profil de fréquence des termes utilisés dans les publications de l’INRA et son évolution présente des différences nettes avec celui de la catégorie du WOS étudiée (figure 2b). Ainsi, si le classement des cinq termes les plus fréquents était identique à celui de la catégorie au début de la période analysée, il a fortement évolué au cours des 20 dernières années et s’en démarque assez nettement aujourd’hui. Le terme le plus fréquent dans les publications de l’INRA est également « milk », le terme « forage » n’a pas reculé au contraire et se retrouve le 2^ème le plus fréquent à la fin de la période analysée alors que le terme « growth », en net recul, se retrouve en 7^ème position à la fin de la période. En termes d’espèces animales, l’importance de « lambs » et de « pigs » est comparable dans le corpus INRA à celle observée dans le corpus total de la catégorie du WOS. En revanche, les termes « chickens » et « broiler chickens », qui caractérisent les volailles sont relativement moins importants dans le corpus INRA. Enfin, le corpus des publications de l’INRA se caractérise par une forte fréquence du terme « fat lipids » en 5^ème ou 6^ème position selon les périodes considérées et par la montée en puissance du terme « livestock system », quasiment absent il y a 20 ans et qui devient le 6^ème terme le plus fréquent dans les dernières années.

Le profil de fréquence des termes utilisés dans les publications de la revue INRA Productions Animales et son évolution se démarquent encore plus de celui de la catégorie du WOS, mais aussi de celui des publications de l’INRA (figure 2c). Le terme le plus fréquemment utilisé dans la revue INRA Productions Animales est « livestock system » depuis plus de cinq ans. Les termes « milk » et « meat » qui étaient les premiers au début de la période restent importants en 2^ème et 3^ème position respectivement. Comme pour les publications de la catégorie du WOS étudiée on observe un recul du terme « forage ». L’ensemble des termes caractérisant les espèces animales se retrouve dans le classement, mais avec des fréquences moindres que dans les publications de la catégorie du WOS et dans celles de l’INRA. Cela peut s’expliquer par le fait que la revue publiant des articles de synthèses, ceux-ci traitent moins fréquemment d’une espèce en particulier. En termes de thématiques émergentes on note une forte montée en puissance du terme « welfare » dans les publications de la revue à partir du milieu des années 2000, celui-ci se classant à la 8^ème position des termes les plus fréquemment utilisés, et plus récemment du terme « genomic selection », ce dernier se classant à la 14^ème position en fin de période analysée. Notons aussi que sur un corpus de références de taille plus limitée comme celui de la revue INRA Productions Animales, des fluctuations importantes peuvent être liées à des numéros thématiques, comme par exemple l’importance du terme « eggs » en 2010 associé à un dossier sur l’œuf paru cette année-là.

Figure 2. Évolution entre 1997 et 2017 de la fréquence des termes sur les corpus de publications de la catégorie « Agriculture, dairy and animal sciences » du WOS (A) des publications de l’INRA au sein de cette catégorie (B) et de celles de la revue INRA Productions Animales (C).

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Graphes produits par la plateforme Cortext – Script Epic Epoch sur 4 périodes de distribution régulière.

3.2. Cartographie des associations de termes dans les publications européennes, de l’INRA et de la revue

La cartographie des termes utilisés dans les publications des « auteurs européens » (affiliés à un laboratoire européen) fait apparaître de nombreuses communautés de termes (ou clusters), mais également de nombreux termes attachés à un cluster qui pointent également sur un autre (figure 3). Le cluster centré sur « milk » comprend les thèmes liés à la lactation, à la qualité du lait et à la santé de la mamelle. Il présente des liens avec les clusters centrés sur « fat lipids », « livestock systems », « forage » et « genetics ». Le cluster centré sur les mots « meat » et « growth » comprend le thème qualité de la viande et est en forte relation avec les clusters caractérisant les espèces monogastriques (porcs et volailles). Le terme « welfare » fait partie du cluster « livestock system », mais en position excentrée car il est aussi en forte relation avec les espèces monogastriques. Le cluster centré sur la génétique et la reproduction est principalement relié au terme « milk », ce qui atteste d’un poids important des publications sur la génétique des animaux producteurs de lait. Le cluster centré sur « fat lipid » est à égale distance des deux principaux groupes « milk » et « meat – growth ». Enfin le cluster centré sur la nutrition est plus proche de ceux des animaux producteurs de viande, « pigs » en particulier, à l’exception des mots « forage » et « DM intake » qui sont également fortement liés aux groupes de termes caractérisant les animaux producteurs de lait et aux aspects concernant le rumen et les émissions de gaz.

On retrouve globalement les mêmes associations de termes dans les cartographies des termes utilisés dans les publications de l’INRA et de la revue INRA Productions Animales que dans celle des publications européennes (figure 4a et 4b). On peut identifier toutefois quelques spécificités, avec par exemple les termes « milk » et « fat lipids » qui sont dans le même cluster sur la carte de la revue, ce qui traduit une association plus forte qu’aux niveaux européens et de l’INRA. On peut noter aussi que la position et le contenu du cluster « livestock system » diffèrent selon la carte considérée. Au niveau européen, il et se trouve proche du cluster centré sur « milk », alors qu’au niveau de l’INRA il est proche du terme « lambs » et que sur la carte de la revue « livestock system » et « lambs » sont dans le même cluster. Au niveau européen « livestock system » et « welfare » se retrouvent dans le même cluster alors que le terme « welfare » se trouve dans d’autres clusters sur les cartes de l’INRA et de la revue. Mais sur les trois cartes le terme « welfare » se trouve proche du terme « housing system » et des termes caractérisant les espèces monogastriques. Malgré ces quelques nuances, il apparaît que les recherches conduites par l’INRA dans le domaine des productions animales, et en particulier celles diffusées par la revue INRA Productions Animales, se positionnent clairement sur les axes de recherches que l’on retrouve dans les publications des chercheurs européens.

Figure 3. Cartographie des termes utilisés dans les publications comprenant au moins un auteur affilié à un laboratoire européen dans la catégorie « Agriculture, dairy and animal sciences » du WOS.

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Graphes produits par la plateforme Cortext – Script Network mapping, l’algorithme de détection des communautés (clusters) est « Louvain ». L’algorithme de mesure de proximité des liens est le chi2. Cet algorithme basé sur les différences entre effectifs observés et effectifs théoriques permet de faire ressortir l’information essentielle dans un réseau en montrant ce qui s’écarte d’une équi-répartition théorique. Les couleurs des nœuds correspondent aux clusters et les termes placés dans un même cluster sont ceux qui ont le plus de cooccurrences significatives entre eux (sur la base d'un test chi2). L'épaisseur des liens est proportionnelle au nombre de cooccurrences entre termes.

Figure 4. Cartographie des termes utilisés dans les publications de l’INRA (A) et de la revue INRA Productions Animales (B) dans la catégorie « Agriculture, dairy and animal sciences » du WOS.

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Voir figure 3 pour description des algorithmes utilisés et la signification des clusters et des liens.