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Apports de la génomique fonctionnelle à la cartographie fine de QTL

Résumé

De nombreux progrès ont été réalisés ces dernières années en génomique. Le développement de technologies à base de supports miniaturisés, permet aujourd’hui d’explorer les génomes tant au niveau de leur structure que de leur expression. Les puces à ADN permettent ainsi de génotyper plusieurs milliers de marqueurs SNP d’un génome ou encore de mesurer le niveau d’expression de plusieurs milliers de gènes d’un tissu. Combiner l’information génotypique avec des mesures phénotypiques élémentaires (ARNm, protéines ou encore métabolites) ouvre de nouvelles perspectives dans l’étude du fonctionnement du vivant et a donné naissance à un nouveau concept, la «génétique génomique». Cet article est centré sur les apports de la «génétique génomique» dans le contexte de la détection de QTL (Quantitative Trait Locus). Après avoir défini la notion de QTL d’expression (eQTL), cet article propose dans un premier temps un bilan des différents programmes de cartographie de QTL d’expression décrits dans la littérature. Sont ensuite présentés les différentes méthodes utilisant des données d’expression pour préciser ou caractériser fonctionnellement des régions QTL responsables de la variation de caractères d’intérêt avec des exemples concernant les animaux d’élevage.

Auteurs


G. LE MIGNON

Affiliation : INRA, UMR598 Génétique Animale, F-35000 Rennes, France

Pays : France


Y. BLUM

Affiliation : INRA, UMR598 Génétique Animale, F-35000 Rennes, France

Pays : France


O. DEMEURE

Affiliation : INRA, UMR598 Génétique Animale, F-35000 Rennes, France

Pays : France


E. LE BIHAN-DUVAL

Affiliation : INRA, UR83 Recherches Avicoles, F-37380 Nouzilly, France

Pays : France


P. LE ROY

Affiliation : INRA, UMR598 Génétique Animale, F-35000 Rennes, France

Pays : France


S. LAGARRIGUE

Sandrine.Lagarrigue@agrocampus-ouest.fr

Affiliation : INRA, UMR598 Génétique Animale, F-35000 Rennes, France

Pays : France

Pièces jointes

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