Introduction

Le développement des résistances aux antibiotiques en médecine humaine et animale, tant dans les pays développés que les pays en développement, fait peser le risque de se trouver, à moyenne échéance, dans une impasse thérapeutique pour le traitement des infections bactériennes humaines (Zahar et Lesprit, 2014). Aussi, afin de préserver le bien commun que sont les antibiotiques, les instances internationales (WHO, 2016 ; FAO, 2016 ; OIE, 2016) ont adopté des plans concertés pour optimiser l’usage des antibiotiques et promouvoir la recherche de solutions préventives ou alternatives, tant chez l’Homme que chez l’animal.

En France, sur le versant vétérinaire, un ensemble d’actions ont été entreprises dans le cadre du plan EcoAntibio 2017 (Ministère de l’agriculture, 2016) et l’objectif de réduction de 25 % de l’usage des antibiotiques en 5 ans a été atteint ; le plan EcoAntibio 2 (2017–2021) encourage la poursuite de ces activités pour pérenniser les efforts réalisés (Ministère de l’agriculture, 2017) et réduire de 50 % l’exposition des animaux de rente à la colistine, car c’est un antibiotique de dernier recours pour certaines infections chez l’Homme.

En filières bovines, il existe différents enjeux liés à l’usage des antibiotiques. La filière laitière est avant tout concernée par la question des infections de la mamelle, et viennent ensuite diverses maladies infectieuses moins fréquentes. En filière allaitante et boucherie, un enjeu important concerne la période néonatale (maladies néonatales) ainsi que les périodes d’allotement d’animaux pour l’engraissement (que ce soit les veaux ou les jeunes broutards), qui se traduisent par des risques importants de maladies infectieuses respiratoires nécessitant l’usage d’antibiotiques.

L’objectif de cet article est de faire le point sur l’usage des antibiotiques dans les filières bovines et son évolution, de présenter les différentes approches développées au cours des années passées pour faire évoluer cet usage ainsi que les freins rencontrés et les difficultés à les lever, puis d’envisager les perspectives pour aller plus loin dans cette évolution. Sont abordées notamment les approches préventives mises en œuvre, la rationalisation de l’utilisation des antibiotiques et le recours aux alternatives thérapeutiques. Un autre article sera consacré ultérieurement aux filières hors sol qui ont conduit des approches particulières pour réduire l’usage des antibiotiques, liées aux pratiques d’élevage hors sol et à leur organisation.

1. État des lieux de l’usage d’antibiotiques dans les élevages bovins en France

1.1. Données globales

Il n’existe pas encore en France de système national d’enregistrement des prescriptions et/ou des délivrances d’antibiotiques comme c’est le cas au Danemark par exemple (DANMAP, 2016). Par contre, l’Agence Nationale du Médicament Vétérinaire (ANMV) de l’Anses assure un suivi national annuel des ventes d’antibiotiques depuis 1999 (Anses, 2017). Ces données sont complétées par des études pharmaco-épidémiologiques ponctuelles apportant des informations sur des aspects qualitatifs ou quantitatifs de l’usage des antibiotiques.

Un des points clés dans l’estimation de l’usage des antibiotiques est le choix des indicateurs. La quantité utilisée (en tonnage) est l’indicateur le plus facile à collecter, mais aussi celui qui présente le plus de limites car il ne tient compte ni des différences de posologies entre les différentes molécules ni de la population animale traitée. C’est pourtant cet indicateur qui est utilisé à l’échelle européenne car il est actuellement le seul calculable pour l’ensemble des pays membres (European Medicines Agency, European Surveillance of Veterinary Antimicrobial Consumption, 2017). Mais, de plus en plus, des indicateurs d’exposition sont utilisés.

L’ANMV utilise dans son rapport (Anses, 2017) l’ALEA (« Animal Level of Exposure to Antimicrobials ») qui approche le nombre de traitements reçus par animal pour une période donnée (ici l’année). La quantité vendue est divisée par la dose par traitement (avec la posologie indiquée dans l’autorisation de mise sur le marché et un poids animal fixe par spécialité et par espèce) et par la biomasse de la population animale potentiellement consommatrice. L’ALEA chez les bovins était de 0,248 en 2016, avec une évolution à la baisse ces dernières années (figure 1).

Figure 1. Évolution de l’ALEA bovins de 1999 à 2016 (d’après Anses, 2017).

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Le calcul des ALEA par famille d’antibiotiques montre une baisse marquée pour les antibiotiques critiques (céphalosporines de 3^ème et 4^ème générations et fluoroquinolones, dont on a un besoin impérieux en santé publique), avec un léger report sur les familles plus anciennes telles que les aminosides, pénicillines et sulfamides.

1.2. Données par filière

Les données de suivi des ventes d’antibiotiques ne permettent pas de différencier les bovins laitiers et les bovins allaitants pour les traitements oraux et parentéraux. Par contre, un calcul spécifique est effectué pour les traitements intramammaires, en attribuant tous ces types de traitements aux vaches laitières, et en différenciant la période de lactation et le tarissement. Il en ressort que le nombre de traitements intramammaires par vache laitière est en légère baisse ces dernières années, cette baisse étant plus marquée pour les traitements en lactation (figure 2).

Figure 2. Évolution du nombre annuel de traitements intramammaires par vache laitière depuis 1999 (d’après Anses, 2017).

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Deux enquêtes en région Auvergne-Rhône-Alpes, menées avec d’autres méthodologies, aboutissent à des résultats du même ordre de grandeur. La première enquête, réalisée en 2016 auprès d’élevages laitiers et allaitants conventionnés, a obtenu un ALEA de 0,31 pour les bovins laitiers (en baisse sur les 4 dernières années) et de 0,21 pour les bovins allaitants (stable sur les 4 dernières années) (Sulpice et al., 2017). La deuxième enquête, réalisée en 2016 auprès de 11 élevages laitiers et 11 élevages allaitants, a permis de différencier, en plus des types de production, les voies d’administration (Mlala et al., 2018). Il en ressort que la filière bovine laitière est un peu plus consommatrice que la filière allaitante pour la voie orale, et sans surprise beaucoup plus consommatrice pour la voie intramammaire (tableau 1).

Tableau 1. Médiane du nombre annuel de traitements par animal, par type de production, âge des animaux et voie d’administration (d’après Mlala et al., 2018).

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Types d’animaux	Nombre annuel de traitements par animal
	Voie injectable	Voie orale	Voie intra-mammaire	Voie intra-utérine	Total
Allaitants
Adultes	0,200	0	0,023	0,019	0,512
Jeunes	0,109	0,045	-	-	0,167
Laitiers
Adultes	0,333	0	2,600	0,029	2,933
Jeunes	0,105	0,049	-	-	0,216

La production de veaux de boucherie, de par ses spécificités et notamment le mélange de jeunes veaux d’origines diverses lors de l’allotement, est une production pour laquelle l’usage d’antibiotiques est plus important. Dans les rapports Anses de suivi des ventes de médicaments vétérinaires contenant des antibiotiques, un focus sur cette production a été fait pendant quelques années, et le nombre de traitements oraux par veau a été estimé pour les données 2009 à 2013. Ce nombre de traitements était passé de 6,0 en 2009 à 4,2 en 2013 (Anses, 2014b). Une enquête ponctuelle réalisée en 2014 a estimé le nombre de traitements par veau à 8,5 en moyenne, mais la méthodologie était très différente puisqu’il s’agissait d’une estimation à partir des prescriptions d’antibiotiques et des dates de traitements indiquées dans le registre d’élevage, et pas à partir des ventes des fabricants (Jarrige et al., 2017). À la suite de cette enquête ponctuelle, un observatoire de l’usage des antibiotiques dans la filière (Chanteperdrix et al., 2016b) a été mis en place. En effet, plus qu’un chiffre ponctuel qui est difficilement comparable à d’autres du fait de méthodes de calcul différentes, c’est l’évolution de l’indicateur choisi qui a du sens. Les premiers résultats issus de cet observatoire semblent indiquer une baisse importante de l’usage dans la filière. Pour contribuer à la pérennisation de cet observatoire, le développement d’un carnet sanitaire informatisé permettant la centralisation de l’information est en cours.

D’autres démarches sont en réflexion dans les filières bovines afin de constituer des observatoires de l’usage des antibiotiques.

2. Leviers techniques pour un usage ciblé et raisonné des antibiotiques

Trois approches complémentaires sont mises en œuvre pour réduire l’usage des antibiotiques et limiter l’émergence de résistances aux antibiotiques : i) la prévention de l’apparition et de la dissémination des maladies, ii) un usage plus raisonné des antibiotiques, et iii) l’utilisation de médicaments alternatifs aux antibiotiques.

2.1. Prévention sanitaire et zootechnique

Certaines pratiques et conditions d’élevage, certains modes de conduite peuvent exposer les animaux à des agents infectieux et les rendre plus susceptibles de développer une maladie. Pour réduire ce risque plusieurs axes de progrès existent. En voici quelques-uns.

a. Biosécurité

La biosécurité consiste à limiter l’introduction et la diffusion des pathogènes dans et à l’extérieur du troupeau. La mise en œuvre de la biosécurité par les éleveurs bovins est en lien avec leurs représentations de l’importance de ces mesures pour préserver leur cheptel (Frappat et al., 2012 ; Sarrazin et al., 2014) qui sont différentes de celles des autres productions (Laanen et al., 2014). Des enquêtes conduites par Idele en 2014 (Mounaix et al., 2015) auprès des éleveurs bovins ont en effet montré que les éleveurs connaissent de manière générale les mesures de biosécurité mais qu’ils appréhendent mal les risques justifiant leur mise en œuvre, que cette dernière est en général limitée dans le temps (abandonnée quand une situation sanitaire problématique redevient normale) et qu’elle se heurte souvent à des freins liés aux habitudes de travail, aux équipements et bâtiments. Sur ce sujet, les éleveurs ont aussi déclaré être plus en attente de retours d’expériences d’autres éleveurs que des conseils prodigués par leur vétérinaire ou d’autres intervenants en élevage. Pour progresser sur ce sujet, il est donc apparu nécessaire de faire évoluer les représentations des éleveurs en matière de biosécurité et de rechercher avec eux des voies d’amélioration pour sa mise en œuvre. Ce travail est en cours dans le projet Co’innobios, dans le cadre du plan EcoAntibio. Il s’appuie sur des collectifs d’éleveurs bovins viande et donne déjà des résultats positifs : une perception améliorée et partagée de la biosécurité, et des outils d’auto-évaluation co-élaborés par les éleveurs et qu’ils souhaitent partager pour favoriser la sensibilisation du plus grand nombre d’éleveurs (Mounaix, communication personnelle).

b. Pratiques d’élevage

Renforcer voire faire évoluer certaines pratiques est une condition nécessaire à un moindre usage des antibiotiques.

Dans la filière laitière, la maîtrise des infections mammaires reste une question cruciale. Afin de renforcer la prévention et ainsi réduire la prévalence des mammites en élevage laitier, l’interprofession laitière a lancé dès 2013 un programme national de communication et d’accompagnement des éleveurs et de leurs conseillers, dénommé « les mammites, j’anticipe ». Cette communication a porté ses fruits puisque depuis 2014, on observe une réduction notable de la moyenne nationale des concentrations en cellules somatiques des laits produit par les troupeaux laitiers français : la moyenne nationale a diminué de 30 000 cellules/mL de lait entre 2014 et 2017 (Roussel et Ballot, 2017, communication personnelle ²).

Le veau, futur adulte en devenir, doit aussi faire l’objet d’une attention particulière. En effet, il a un système immunitaire fonctionnel à la naissance, mais du fait d’un placenta empêchant le passage des anticorps maternels vers le fœtus, il naît agammaglobulinémique. Il lui faudra quelques jours pour développer une immunité adaptative acquise ; il est donc indispensable qu’il boive dans les premières heures suivant sa naissance une quantité suffisante d’un colostrum de qualité pour ingérer les immunoglobulines d’origine maternelle et acquérir une immunité adaptative dite passive (Hulbert et Moisà, 2016) (figure 3). Cette phase est souvent un point critique dans les exploitations laitières, d’où l’importance de communiquer sur la bonne préparation des vaches au vêlage garante d’un colostrum de qualité, et sur la surveillance et les soins à apporter au veau nourrisson. Une nouvelle campagne de sensibilisation des éleveurs sur ce sujet est en cours de préparation, orchestrée par l’interprofession laitière.

Figure 3. Représentation du déficit de protection immunitaire acquise dans le premier mois de vie des veaux (d’après Hulbert et Moisà, 2016).

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Certaines pratiques, situations ou certains environnements (manipulations, transport, réallotements, changements alimentaires, vêlage, stress thermique…) peuvent générer du stress, impactant les défenses immunitaires de l’animal, et le rendant ainsi plus fragile aux infections (Hulbert et Moisá, 2016). Des travaux sont en cours pour voir dans quelle mesure il est possible de faire évoluer certaines pratiques pour minimiser le stress ou le répartir différemment sur la durée. Ces travaux concernent en particuliers les filières broutards/taurillons (projet WelHbeef financé par l’Institut Carnot France Futur Élevage, projet Sant’Innov financé par le programme PSDR 4³ du Grand-Ouest) et veaux de boucherie.

c. Bâtiments d’élevage

La conception et l’entretien des bâtiments d’élevage sont des éléments clefs de la prévention des maladies. Ils font partie des facteurs de risque majeurs des maladies d’élevage. Les points clefs sont divers et leur importance varie selon les maladies. Parmi eux cependant on peut citer la qualité générale de l’ambiance (humidité, température, ventilation et renouvellement de l’air), les surfaces disponibles et leur entretien, la nature des sols, l’existence d’espaces dédiés à certaines situations (zone de vêlage, infirmerie, logement des vaches taries…). Au démarrage du plan EcoAntibio 2017, le constat a été fait par l’ensemble des acteurs que le bâtiment restait un point critique dans la maîtrise de la santé animale. Pour progresser dans la prise de conscience par les différents acteurs des liens entre bâtiment et santé, un travail d’explicitation, de formalisation et de diffusion a été entrepris. Il a réuni des experts bâtiments et des vétérinaires et a abouti à des brochures techniques largement diffusées.

d. Sélection génétique

Les objectifs de sélection intègrent, au-delà des critères de production, conformation et reproduction, certains critères liés à la santé (concentrations en cellules somatiques dans le lait, mammites cliniques) ou en lien avec la santé (aplombs, conformation de la mamelle et longévité).

Chez les vaches laitières, un index cellules est disponible depuis 1997. Un index mammite clinique a été mis en place en 2010. Combiné à l’index cellules, il constitue aujourd’hui un index « santé de la mamelle » qui représente respectivement 16, 18 et 14,5 % des objectifs de sélection des races Normande, Prim’Holstein et Montbéliarde (Minery, 2016 ; Institut de l’Élevage, 2018).

L’outil génomique vise à prédire la valeur génétique d’un animal à l’aide d’un test réalisé grâce à une puce ADN contenant plusieurs dizaines de milliers de marqueurs. Cette révolution permet d’accélérer le progrès génétique et de prendre en compte de nouveaux critères parmi lesquels la résistance aux maladies. Parmi les travaux qui ont permis de progresser dans ce domaine on peut citer le projet Parabov (Blériot et al., 2013) initié en 2011 qui a permis de définir un référentiel pour la collecte de données de lésions du pied des bovins, enregistrées lors du parage. Ce travail a été suivi de différents travaux, dont ceux soutenus par Apis-Gène (programme POD²), visant à développer la collecte en routine des données de parage des pieds des bovins laitiers, en vue d'une évaluation génétique. Le projet GénoSanté démarré en 2015 a quant à lui pour objectif global de produire des outils de sélection et de conseil pour améliorer la santé productive des vaches laitières. Les premiers résultats ont abouti en 2016 à un index relatif à l’acétonémie (maladie métabolique) pour les races Normande, Prim’Holstein et Pie Rouge (Barbat-Leterrier et al., 2016) et depuis fin 2017 à deux nouveaux index de résistance aux boiteries (un index de résistance aux lésions infectieuses et un de résistance aux lésions non infectieuses) pour les races Prim’Holstein et Pie Rouge⁴.

e. Vaccination

La vaccination contre certaines maladies peut avoir un rôle dans la réduction de l’usage des antibiotiques. Des maladies virales sont aussi concernées, car la prévention de ces maladies évite des surinfections bactériennes qui doivent être traitées avec des antibiotiques. Dans le cadre du plan EcoAntibio 2017, le Syndicat de l’Industrie du Médicament Vétérinaire (SIMV) a mené deux études visant à identifier les freins à la vaccination en élevage bovin, et le rôle du vétérinaire dans la décision de vacciner (Deleu, 2015).

La décision de mettre en place la vaccination est souvent prise suite à un épisode infectieux avec un impact sanitaire marquant, par exemple des pertes d’animaux. Mais la pratique de la vaccination est rarement acquise définitivement. Les éleveurs la remettent en cause en permanence en fonction de leur perception de l’efficacité, du coût et du risque encouru. Plus on s’éloigne de l’événement sanitaire déclencheur, plus la tentation d’interrompre la vaccination est forte (Deleu, 2015).

Les points positifs attendus de la vaccination sont d’ordre économique (moins de pertes), psychologique (sérénité) et organisationnel (diminution des interventions sur les animaux, planification des interventions…). Les freins énoncés relèvent principalement de l’organisation du chantier de vaccination, du temps passé et du respect des protocoles vaccinaux et d’hygiène. L’étude a montré que 31 % des éleveurs de bovins disent ne jamais vacciner leurs bovins contre les 4 maladies considérées (bronchopneumonies infectieuses enzootiques, BVD, gastroentérites néonatales et entérotoxémies), mais qu’une forte proportion d’éleveurs serait prête à l’envisager. Elle a aussi mis en évidence le rôle prépondérant du vétérinaire dans la décision de mise en œuvre des plans de prophylaxie vaccinale (Deleu, 2015). À l’issue de ce travail, une campagne de communication a été mise en place par le Ministère de l’agriculture pour promouvoir la vaccination en élevage bovin : la campagne Vaccin’acteur.

Au-delà de ces enquêtes globales, des travaux plus ciblés ont été conduits par Idele en partenariat avec ONIRIS sur la vaccination des broutards pour prévenir les maladies respiratoires des taurillons. Ces travaux, réalisés dans le cadre du plan EcoAntibio, visaient à répondre aux questionnements de groupements de producteurs ou de coopératives agricoles qui ont entrepris des actions pour promouvoir la vaccination des broutards. Les objectifs étaient d’identifier les déterminants sociaux et économiques de cette vaccination. Les enquêtes conduites auprès des éleveurs naisseurs et/ou engraisseurs de broutards mettent en évidence une bonne perception générale de la vaccination par les éleveurs et ceci indépendamment du lien avec le vétérinaire. Les modalités pratiques de la vaccination spécifique des broutards avant leur entrée dans les ateliers d’engraissement étaient cependant mal connues (planning des injections, pathogènes incriminés dans les problèmes respiratoires à l’engraissement...). Plusieurs freins à la vaccination des broutards par les naisseurs ont été identifiés, plutôt relatifs à l’organisation du travail. Le résultat le plus marquant de l’enquête est l’absence de relation/connexion entre éleveurs naisseurs de broutards et éleveurs engraisseurs. Ce manque de traçabilité constitue un frein important au développement de la vaccination des broutards chez le naisseur (Mounaix et al., 2018).

Les personnes enquêtées (naisseurs ou engraisseurs) souhaitaient en majorité une valorisation de la qualité globale des broutards et ils plaçaient la vaccination parmi les éléments de cette qualité. Compte tenu de ces avis, le prix plancher de broutards vaccinés s’est avéré compliqué à estimer et très variable (Mounaix, communication personnelle). Des travaux complémentaires ont été réalisés pour analyser les effets comparés de différentes modalités de vaccination (Mounaix et al., 2018).

3. Appui et accompagnement pour le changement de pratiques

4. Perspectives

En filières bovines, comme dans les autres filières d’ailleurs, un travail important de prise de conscience des risques liés à l’usage des antibiotiques a été mené grâce entre autres à la dynamique portée par le plan EcoAntibio. Il en est résulté diverses actions réglementaires et techniques destinées à réduire l’usage des antibiotiques en général et cibler particulièrement certains antibiotiques dits critiques. De fait, la consommation d’antibiotiques a diminué au fil du temps et cela devrait encore continuer si certaines actions conduites actuellement diffusent largement dans la population, à titre d’exemple le traitement sélectif au tarissement.

Malgré les recommandations d’usage formulées par la profession vétérinaire, l’usage des antibiotiques garde néanmoins une assez forte part de subjectivité. Dans cet esprit, des actions conduites en Europe du Nord ont permis une avancée remarquable. Basées sur la mesure de consommation d’antibiotiques par élevage avec comparaison aux autres élevages, ces actions visent la prise de conscience de la situation et des marges de progrès possibles ; elles sont suivies d’actions volontaires avec la coopération du vétérinaire. La filière veau de boucherie est entrée dans une démarche de ce type, qui devrait être objet de réflexion pour les autres filières afin de voir de quelle manière de telles approches pourraient être utilisées sans être perçues, ni utilisées comme outil de sanction.

Sur le plan technique, le développement de l’utilisation des capteurs en élevage et les outils liés aux biotechnologies pourraient permettre pour certaines maladies une amélioration des capacités de dépistage précoce, de diagnostic précis, et d’optimisation des traitements. Des questions se posent néanmoins sur la valeur prédictive de ces tests et leur usage en routine. Différentes équipes de recherche mènent des investigations dans ces domaines. Plus en amont, certaines équipes de recherche tablent sur un potentiel d’amélioration de la résistance des animaux et de l’immunité par des approches nutritionnelles particulières, par la manipulation du microbiote intestinal, par le potentiel génétique des animaux, et des travaux sont menés dans ce sens. Enfin, des études sont conduites sur le potentiel de molécules ou approches qui pourraient représenter dans certains cas des alternatives thérapeutiques aux antibiotiques, notamment les peptides antimicrobiens (petites molécules produites par les organismes vivants et ayant des activités bactéricides), certains extraits végétaux, les bactériophages (virus ayant la capacité de détruire des bactéries, mécanisme appelé phagothérapie) ou la manipulation du « quorum sensing » (dialogue moléculaire entre bactéries qui déclenche certaines propriétés particulières des colonies de bactéries) (Ducrot et al., 2017).

Les travaux conduits sur la compréhension des usages d’antibiotiques ouvrent d’autres perspectives qui impliquent pour certaines une remise en question de certaines formes d’organisation des professionnels. En voici principalement trois. La première concerne une évolution de l’organisation de la filière d’engraissement des broutards pour limiter les risques de maladies respiratoires et l’usage d’antibiotiques en métaphylaxie. Une évolution des modalités d’allotement pour limiter les risques de maladie (taille et mode de constitution des lots, conditions de transport), la préparation des broutards à l’allotement incluant la vaccination, et la juste répartition de la plus-value de ces mesures entre naisseur et engraisseur, seraient de nature à réduire l’utilisation d’antibiotiques dans cette filière. La filière des veaux de boucherie est elle aussi assez forte utilisatrice d’antibiotiques. Une analyse de la chaîne de valeur le long de la filière, du naisseur à l’engraisseur, et des conditions de transport, d’allotement et d’engraissement devrait donner des pistes pour améliorer la santé des veaux et réduire le besoin en antibiotiques. La troisième thématique concerne l’évolution du conseil en élevage pour proposer une approche plus globale et intégrée de la santé. L’offre de service de la profession vétérinaire ne correspond qu’imparfaitement à la demande de certains types d’éleveurs qui sont dans l’attente d’un conseil différent, avec un autre rapport entre conseiller et éleveur et un autre rapport du vétérinaire à la vente d’antibiotiques. Des travaux et réflexions sur chacune de ces questions ont été amorcés et doivent être poursuivis.

Conclusion

Des avancées importantes ont été faites depuis une dizaine d’années pour rationaliser et diminuer l’utilisation des antibiotiques en élevage bovin. Certaines pistes méritent d’être poursuivies pour aller plus loin dans cette démarche, que ce soit sur le terrain ou en recherche. Dans tous les cas, les progrès à venir nécessitent des approches intégrées entre acteurs qui peuvent avoir des points de vue et des intérêts différents. La dynamique impulsée par le plan EcoAntibio devrait être un atout pour amener les partenaires autour d’une même table et les stimuler pour lever les blocages et inventer des solutions face aux difficultés à résoudre.

Remerciements

Les auteurs remercient l’ANMV pour la fourniture des données sur la vente des médicaments vétérinaires.

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