Principes de l’utilisation des marqueurs génétiques pour la détection des gènes influençant les caractères quantitatifs - LE ROY, P.; ELSEN, J.M. (INRAE Productions Animales, 2000)
L’information apportée par les marqueurs génétiques est une aide précieuse pour la mise en évidence des gènes influençant les caractères quantitatifs, les QTL (pour Quantitative Trait Loci). Le principe de base est d’observer s’il y a coségrégation des allèles au marqueur et au QTL dans la descendance de reproducteurs doubles hétérozygotes. La démarche peut être étendue à la prise en compte simultanée d’informations sur plusieurs marqueurs appartenant à un même groupe de liaison : c’est la cartographie d’intervalle. Différentes méthodes statistiques sont employées pour analyser les données. Toutefois, la théorie classique des tests d’hypothèse n’étant pas complètement applicable, il est souvent fait appel aux simulations pour déterminer les seuils de rejet et les intervalles de confiance. Les protocoles mis en place sont de deux types : croisement entre populations extrêmes ou étude intra-famille de populations en ségrégation. Ils doivent être optimisés pour avoir une puissance maximale à taille de protocole fixée.