À travers l’Europe, la population équine a progressé rapidement depuis 1995 (Jez et al., 2015). En France, le nombre de chevaux s’est élevé à 1,2 million en 2025, représentant environ 20 % de la population équine totale en Europe. Cette croissance est alimentée par l’augmentation de la pratique équestre chez les jeunes et par la passion toujours croissante pour l’équitation de loisir et les paris hippiques. Cependant, cette augmentation des chiffres et de l’enthousiasme a un revers. Beaucoup de ces chevaux sont nourris avec des concentrés et sont logés principalement dans des boxes individuels, ce qui, bien que fournissant un environnement sûr (Ruet et al., 2019), limite les chevaux dans l’expression de leurs comportements naturels. Or, en tant qu’herbivores, les chevaux passent environ 17 à 67 % de leur temps à brouter (Arnold, 1984), ce qui favorise non seulement leur digestion mais aussi leur équilibre comportemental et physiologique. Cette restriction comportementale est mise en évidence par le modèle des cinq domaines (Fletcher et al., 2021), qui permet d’évaluer le bien-être animal en intégrant à la fois des critères physiologiques et des dimensions psychologiques. Ce modèle repose sur cinq aspects interconnectés : la nutrition, l’environnement, la santé, le comportement et l’expérience mentale. L’altération de ces domaines, notamment par l’isolement social et la restriction de mouvement, peut induire du stress chronique et des déséquilibres physiologiques, compromettant la santé globale des chevaux.

Nous avons démontré qu’au-delà de la détérioration du bien-être (Ruet et al., 2019), les chevaux logés en continu dans des boxes individuels et nourris avec des régimes hyperconcentrés subissent des altérations substantielles de leurs communautés microbiennes intestinales, suggérant le lien entre le bien-être et le microbiote intestinal (Mach et al., 2020). Le microbiote intestinal, composé de bactéries, d’archées, de virus, d’eucaryotes et de champignons, joue un rôle dans la santé animale à travers ses interactions complexes avec l’hôte. Ces interactions, probablement favorisées par la diversité génétique et fonctionnelle du microbiote, contribuent aux processus physiologiques et immunitaires essentiels (Mach et al., 2020). Le microbiote intestinal est très réactif aux changements environnementaux, aux conditions d’élevage, aux infections et aux facteurs propres à l’hôte (Fassarella et al., 2021). La composition du microbiote intestinal adulte peut notamment changer rapidement avec des changements alimentaires et des perturbations importantes telles que l’administration d’antibiotiques ou l’exposition à un stress chronique (Brugman et al., 2018).

Le stress chronique, par ses effets néfastes sur la santé intestinale (Kelly et al., 2015 ; Karl et al., 2018 ; Mayer, 2000), met en lumière l’importance de l’axe microbiote–intestin–cerveau, une relation bidirectionnelle complexe qui influence profondément le bien-être (Carabotti et al., 2015 ; O’Mahony et al., 2015 ; Martin et al., 2018). En effet, les altérations de la composition microbienne intestinale induites par le stress sont associées à une production modifiée de neuromédiateurs clés, tels que la sérotonine, dopamine, et le GABA (acide γ-aminobutyrique), qui sont essentiels à la régulation de l’anxiété et du comportement (Foster et al., 2017). De plus, les métabolites microbiens, tels que les acides gras à chaîne courte (SCFA), peuvent contribuer à la modulation des réponses neurophysiologiques et comportementales (Rhee et al., 2009 ; O’Mahony et al., 2015). Les métabolites microbiens peuvent aussi stimuler les nerfs sensoriels dans l’intestin, ce qui renforce l’activité de la dopamine dans le cerveau (Dohnalová et al., 2022). Cette interaction pourrait accroître la motivation à adopter différents comportements.

Par ailleurs, les catécholamines et d’autres hormones neuroendocriniennes modulent directement la croissance microbienne (Lyte et al., 2011). Que l’intestin soit un élément central de la santé et du bien-être est reconnu depuis l’Antiquité. Le médecin grec Hippocrate, qui a vécu entre 460 et 370 av. J.-C., est souvent crédité d’avoir dit : « Toutes les maladies commencent dans l’intestin », soulignant le rôle crucial de la santé intestinale dans la santé et le bien-être. Cette sagesse antique nous conduit au concept de résilience du microbiote, c’est-à-dire sa capacité à restaurer un équilibre fonctionnel après une perturbation, en conservant ses propriétés essentielles malgré les variations environnementales. À l’inverse, la résistance correspond à la capacité du microbiote à rester inchangé malgré les perturbations (Lozupone et al., 2012 ; Lloyd-Price et al., 2016).

La résilience du microbiote face aux stress biotiques et abiotiques est censée avoir des implications importantes pour la santé et le bien-être, garantissant sa capacité à s’adapter et à se restaurer face aux perturbations, tout en maintenant ses fonctions, structures et processus essentiels. Cette résilience, bien que généralement bénéfique, peut constituer un obstacle dans certaines circonstances. Un microbiote très résilient, mais dont l’impact est négatif pour l’hôte, peut être difficile à corriger (Bordenstein & Theis, 2015). Cet équilibre entre stabilité et adaptabilité souligne les complexités de la résilience du microbiote intestinal. Notre étude sur les chevaux de sport d’élite dans un état de stress chronique a révélé un microbiote résilient qui restait nuisible malgré une courte exposition à des changements environnementaux (Mach et al., 2020, 2021a). Nous avons montré que de courtes expositions à des environnements positifs, tels que le pâturage en groupe avec des congénères, ne suffisent pas à changer le microbiote vers un état plus équilibré et bénéfique pour la santé et le bien-être. Cela souligne l’importance d’une exposition prolongée et régulière à un environnement enrichissant pour favoriser des modifications durables du microbiote et soutenir le bien-être animal.

Dans cet article de synthèse, nous explorerons la relation complexe entre le microbiote intestinal et le bien-être animal, en soulignant le rôle crucial de la résilience du microbiote dans la promotion de la santé et du bien-être. De plus, nous recommandons l’accès au pâturage en groupe pour promouvoir des comportements naturels et réduire le stress chronique. Les pratiques agroécologiques, qui mettent l’accent sur le pâturage naturel et l’utilisation durable des terres, offrent un cadre optimal pour favoriser ces interactions positives. En intégrant ces pratiques, nous pouvons favoriser des communautés microbiennes intestinales bénéfiques, tout en soutenant la santé globale des chevaux dans un environnement respectueux de leur biologie et de leur bien-être.

Le microbiote intestinal, composé de bactéries, archées, virus, eucaryotes et champignons, joue un rôle crucial dans la digestion, le renforcement du système immunitaire et la protection de la muqueuse intestinale (Noverr & Huffnagle, 2004 ; Nicholson et al., 2012 ; Donaldson et al., 2015). Il possède des effets antioxydants et favorise la régulation métabolique (Michaudel & Sokol, 2020) (figure 1). Les avancées en recherche multi-omiques ont détaillé la structure taxonomique, les fonctions et les profils métaboliques du microbiote intestinal, notamment son développement après la naissance, les différences selon les états de santé, les performances et la modélisation prédictive des maladies (Mach et al., 2017b ; Kauter et al., 2019 ; Mach et al., 2021b, 2022).

Figure 1. Le rôle du microbiote intestinal dans la santé équine.

Cette figure met en évidence que la composition diversifiée du microbiote intestinal joue des rôles essentiels dans la digestion, le soutien du système immunitaire et la protection de la muqueuse intestinale. De plus, la figure illustre les effets antioxydants, la régulation métabolique et le rôle crucial de l’axe intestin–cerveau facilité par le microbiote intestinal, soulignant son importance capitale pour la santé et les performances globales des chevaux.

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Le stress, qu’il soit biotique ou abiotique, influence les mécanismes adaptatifs des organismes en modulant divers processus physiologiques et biologiques. Il joue également un rôle dans la dynamique du microbiote intestinal, pouvant altérer sa composition et ses interactions avec l’hôte, ce qui peut avoir des implications sur la santé et l’homéostasie globale (Mach et al., 2021b ; Silvers et al., 2021 ; Park et al., 2024). Le stress est une réponse généralisée à des défis menaçant l’intégrité de l’organisme, induisant des changements physiologiques pouvant impacter les fonctions cognitives (Ulrich-Lai & Herman, 2009). Chez les chevaux, l’enfermement dans des boxes individuels pour des périodes prolongées, l’exposition à des environnements inconnus, les longs déplacements, les traitements médicaux, l’isolement social, des régimes alimentaires inadéquats, la participation à des événements et compétitions, le manque de repos et un entraînement intense induisent tous des réponses de stress physiologiques et comportementales (figure 2). Ces conditions de vie entraînent une activation prolongée de l’axe « hypothalamic-pituitary-adrenal » (HPA), responsable de la production de cortisol, l’hormone du stress. Une élévation persistante des niveaux de cortisol peut altérer la régulation du microbiote intestinal, entraînant une dysbiose qui affecte l’axe microbiote–intestin–cerveau (Ruet et al., 2019 ; Warren et al., 2024).

Figure 2. Facteurs de stress impactant le microbiote intestinal des chevaux.

Cette figure illustre divers facteurs de stress pouvant impacter le microbiote intestinal des chevaux. Ces facteurs incluent l’hébergement dans des boxes individuels, l’exposition à des environnements inconnus, les voyages longue distance, les traitements médicaux, l’isolement social, les régimes alimentaires inadéquats, la participation à des événements et compétitions, le manque de repos et l’entraînement intensif. Ces conditions d’élevage imposées à l’animal empêchent les chevaux de s’engager dans des comportements naturels, tels que le pâturage et la socialisation, qui sont essentiels à leur bien-être physique et mental.

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La résilience est la capacité d’un système à tolérer le stress avant de passer à un nouvel état avec des fonctions différentes (Lozupone et al., 2012 ; Holling & Robin, 2013 ; Sommer et al., 2017 ; Fassarella et al., 2021). Ainsi, la résilience du microbiote intestinal correspond à sa capacité à maintenir un équilibre fonctionnel face aux perturbations et à retrouver un état stable après des événements transitoires tels que les infections, les traitements antibiotiques, une disponibilité réduite en nutriments ou un stress. Cette faculté repose sur l’adaptabilité des communautés microbiennes et leur interaction dynamique avec l’hôte (Sommer et al., 2017). La résilience du microbiote intestinal est associée à des mécanismes biologiques complexes impliquant la compétition pour les ressources, la production de substances antimicrobiennes, l’inhibition métabolique des espèces opportunistes, la formation de biofilms favorisant la stabilité microbienne, ainsi que la régulation du comportement collectif via le « quorum sensing » (mode de communication bactérienne basé sur des signaux chimiques, permettant d’adapter leur comportement selon la densité de leur population) (Lozupone et al., 2012 ; Mach & Clark, 2017 ; Sommer et al., 2017). L’hôte contribue également, en libérant des antimicrobiens, en produisant du mucus et en contrôlant les propriétés du tractus gastro-intestinal (Mach, 2024).

Constatant un profil microbiotique moins diversifié chez les chevaux athlètes soumis à un stress chronique dû aux pressions physiques et émotionnelles continues des compétitions et de l’entraînement intensif (Mach et al., 2020), nous avons cherché à déterminer si ce microbiote était intrinsèquement résilient aux changements. Pour tester cette hypothèse, nous avons induit une perturbation environnementale positive – associant l’accès au pâturage et l’interaction sociale avec des congénères – pendant une courte période de 1,5 mois sur la moitié de notre cohorte. En particulier, 27 athlètes ont été suivis avant et après le pâturage, et comparés à 18 chevaux maintenus dans des boxes individuels. Nous avons ensuite évalué si cette intervention modifiait le microbiote, tant sur le plan de sa composition que de sa fonctionnalité (Mach et al., 2021a). Globalement, la composition et la diversité du microbiote des animaux envoyés au pâturage pendant une courte période n’ont pas changé. Bien que certains genres microbiens aient montré des variations, leur abondance est revenue à son niveau initial trois semaines après la réintégration en box, ce qui met en évidence une forte résilience microbienne et la difficulté d’établir une nouvelle structure écologique. L’adoption d’un microbiote différent nécessite de surmonter des barrières écologiques qui limitent la colonisation de nouvelles bactéries. Ces barrières résultent généralement d’interactions complexes entre les micro-organismes, le système immunitaire de l’hôte et les conditions environnementales du tractus intestinal (Zhang et al., 2009). Ce phénomène est particulièrement notable lorsque le microbiote est hautement résilient, surtout si sa composition et ses fonctions sont défavorables à l’hôte. Un microbiote stable mais nuisible peut être extrêmement difficile à modifier. Acquérir un écosystème intestinal avec un potentiel de résilience élevé rend difficile la gestion des interventions qui peuvent briser le cercle vicieux de l’apathie et du stress et rétablir la santé et le bien-être.

Ainsi, comprendre les mécanismes derrière cette résilience est crucial pour développer des stratégies efficaces pour promouvoir la santé intestinale et le bien-être général des chevaux. Ces résultats suggèrent que des pratiques de gestion à long terme sont nécessaires pour modifier le lien entre le comportement et l’écosystème intestinal. Ainsi, la résilience seule n’est pas toujours bénéfique pour la santé et la performance ; un microbiote diversifié et fonctionnel est tout aussi essentiel.

Les effets délétères potentiels de la résilience du microbiote et ses implications pour la santé et le bien-être des chevaux soulignent le besoin urgent de stratégies de gestion alternatives alignées sur les principes agroécologiques.

L’agroécologie figure parmi les options les plus prometteuses pour atténuer les impacts négatifs de l’élevage sur l’environnement et développer des systèmes locaux reposant sur des méthodes d’élevage éthiquement acceptables (Dumont et al., 2025). L’agroécologie met l’accent sur des pratiques de gestion animale durables, favorisant la biodiversité, l’équilibre écologique et le bien-être. Elle intègre également des dimensions sociales et politiques essentielles, telles que l’organisation communautaire, l’autonomie des acteurs et l’accès aux ressources foncières (Dumont et al., 2025).

Pour les chevaux, cela signifie adopter notamment des pratiques de gestion alignées sur leurs comportements et besoins naturels. Permettre aux chevaux de passer plus de temps dans des pâturages avec leurs congénères peut significativement améliorer leur bien-être en réduisant le stress et en favorisant un microbiote intestinal plus sain. Comme l’expliquent Julliand et Grimm (2017), des régimes riches en fibres entraînent une augmentation de la diversité microbienne et des modifications du milieu intestinal, notamment une réduction de la matière sèche et de la production d’acide valérique. Ces mêmes auteurs ont également démontré qu’une alimentation riche en fibres favorise des comportements alimentaires naturels et réduit les réactions excitables, contribuant ainsi à la santé et au bien-être des chevaux (Raspa et al., 2022). Les systèmes basés sur le pâturage permettent aux chevaux de brouter, de socialiser et de s’engager dans des comportements naturels (figure 4). Ces environnements favorisent la santé globale et produisent des chevaux robustes et athlétiques. Par exemple, les chevaux élevés dans de tels systèmes sont très prisés pour la conduite traditionnelle dans la région de la Camargue (France) et leur endurance exceptionnelle dans les courses, comme les chevaux arabes dans la région du Causse (Jouven et al., 2016). En permettant aux chevaux de prospérer dans un habitat naturel, nous pouvons garantir qu’ils développent la force et l’agilité nécessaires pour ces activités exigeantes.

De plus, le pâturage des chevaux a un impact positif sur la préservation des habitats naturels, la diversité des espèces végétales et la fertilisation des sols, bénéficiant à l’ensemble de l’écosystème (Dumont et al., 2013). Les chevaux sont excellents pour contrôler les herbes compétitives et maintenir des zones ouvertes en pâturant. Comme l’ont avancé Fleurance et Dumont (2020) lors de leur présentation orale à l’EAAP, les chevaux sont des herbivores qui adaptent leur stratégie de pâturage en sélectionnant des zones de végétation courte à forte valeur écologique. Ce comportement favorise l’hétérogénéité du couvert végétal et contribue à la préservation des prairies naturelles. Les chevaux influencent donc directement la structure et la diversité des habitats herbacés, renforçant ainsi leur rôle écologique dans la gestion des paysages. De plus, le pâturage des chevaux entraîne une augmentation de l’abondance des légumineuses dans les zones de pâturage stable ainsi que certains effets sur la diversité des insectes. En particulier, le pâturage des chevaux crée une mosaïque de zones de hautes et de courtes herbes, soutenant une biodiversité élevée de plantes à fleurs et d’insectes pollinisateurs (Thulin et al., 2025) et bénéficiant à diverses espèces animales (Jouven et al., 2016). En Camargue, le pâturage des chevaux a permis de remplacer les plantes hautes et compétitives par des plantes plus petites et compétitives en nutriments, permettant ainsi à plus d’espèces de coexister. Cependant, les pratiques agricoles jouent également un rôle. Les modifications de la gestion des pâturages, de la densité de chargement et de la rotation du pâturage peuvent influencer la succession végétale et la stabilité des écosystèmes (Jouven et al., 2016). Dans le centre de la France, les chevaux ont surpassé les bovins dans le contrôle des espèces prairiales de faible valeur nutritive et ont favorisé celles de valeur nutritive moyenne. Les chevaux se sont également révélés plus efficaces que les moutons pour améliorer la valeur pastorale des prairies subméditerranéennes. Enfin, le pâturage des chevaux contribue à promouvoir la santé des sols en améliorant le cycle des nutriments et en réduisant l’érosion des sols.

En intégrant les principes agroécologiques dans la gestion des chevaux, nous pouvons créer des environnements qui soutiennent la diversité et la santé des animaux ainsi que celle de leurs écosystèmes. L’accès aux pâturages, la consommation de fibres, l’exercice libre et le contact social avec les congénères, jouent un rôle essentiel dans le bien-être et la résilience des équidés. En complément, l’ajout de probiotiques, prébiotiques et postbiotiques peut renforcer l’équilibre du microbiote intestinal, optimisant ainsi la santé digestive et immunitaire des chevaux. Cette approche combinée, offre une stratégie holistique visant à améliorer le bien-être des chevaux tout en préservant la durabilité des systèmes d’élevage.

Figure 4. Pratiques agroécologiques pour des chevaux et des écosystèmes en meilleure santé.

Cette figure illustre les avantages des pratiques agroécologiques pour les chevaux et leurs environnements. Elle met en évidence la manière dont les systèmes de pâturage naturel, l’amélioration de la santé des sols et les écosystèmes diversifiés favorisent le bien-être des chevaux. En permettant aux chevaux de brouter, de socialiser et de s’engager dans des comportements naturels, ces pratiques réduisent le stress et soutiennent un microbiote intestinal plus sain. De plus, le pâturage des chevaux aide à maintenir la diversité des plantes, à promouvoir la santé des sols et à contribuer à la durabilité et à la résilience des paysages agricoles.

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Le stress chronique et les pratiques d’élevage peuvent affecter la composition et la fonction du microbiote intestinal, entraînant des problèmes de santé et de bien-être importants. L’adoption des principes agroécologiques et le respect de leurs comportements naturels, tels que le pâturage prolongé et la socialisation, peuvent contribuer à la diversité du microbiote intestinal et favoriser leur santé et leur bien-être global.

L’auteur tient à exprimer sa gratitude envers Léa Lansade, Alice Ruet, Marie-Pierre Moisan, Aline Foury et le personnel de l’Institut français du cheval et de l’équitation (IFCE) et de l’Institut national de la recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) de Jouy-en-Josas et Nouzilly (France). Je remercie particulièrement Patrick Galloux, Xavier Goupil, Isabelle Burgaud, Sophie Biau, le Colonel Patrick Teisserenc, Jean-Marie Yvon, Milena Trosh et tous les soigneurs d’animaux pour leur collaboration lors de l’expérimentation au Cadre noir de Saumur. La production des ensembles de données utilisés dans l’étude a été financée par des subventions du Fonds Éperon et de l’IFCE.